中国人民政治协商会议南平市委员会主要职能是：高举爱国主义和社会主义两面旗帜，坚持团结和民主两大主题，围绕中心，服务大局，履行政治协商、民主监督和参政议政的职能。

（一）围绕中心，参政议政，在促进改革开放和社会主义现代化建设中发挥服务作用。

（二）调研咨询，献计献策，在促进党政领导决策科学化、民主化中发挥参谋作用。

（三）建议批评，当好诤友，在贯彻落实党的路线、方针、政策和反腐倡廉中发挥民主监督作用。

（四）体察民情，反映民意，在密切同人民群众联系中发挥桥梁作用。

（五）协调关系，化解矛盾，在维护社会稳定中发挥促进作用。

（六）广交朋友，合作共事，在进一步巩固和扩大爱国统一战线，促进大团结、大联合中发挥凝聚作用。

（七）联络友谊，增进共识，在促进实现“和平统一、一国两制”方针，完成祖国统一大业中发挥推动作用。

（八）扩大交往，加强合作，在为社会主义现代化建设创造良好的外部环境中发挥纽带作用。

南平市政协机关内设机构设置为“一办二室八委”，即：办公室、研究室、委员工作室、提案委员会、经济委员会、农业和农村委员会、人口资源环境委员会、教科卫体委员会、社会法制和民族宗教委员会、港澳台侨和外事委员会、文化文史和学习委员会。

办公室下设5个科室，即：人事秘书科、综合科、信息科、行政接待科、老干科。设立1个事业单位，即南平市政协理论研究中心，隶属办公室管理。

8个专门委员会各设置1个秘书科。